近未來的日本，一個叫做“疏瀨”的城市中，市民過着平凡的生活，只不過，在城市的一角，山岡上面聳立着醫療機器製造廠建造的外形酷似熨斗的工廠，每天固定時刻，那個工廠都像剛燙完東西一樣散發出大量蒸汽。　　小學6年級學生直太，與高中女生真見美，直太那個留學的哥哥的女友，一起在河邊打發時間。本該是繼續平凡的日子，隨着傳說中的蜜蜂女——睛子駕駛的電車撞上直太而結束了。直太頭上長出了奇怪的角！而睛子居然成爲直太家的傭人進入了直太家。睛子的祕密與她口中常念起的“FLCL”的含義，令直太的生活有了翻天覆地的改變。