故事發生在神世紀300年，主要講述結城友奈是初中2年級學生，她天天在學校裏過着與很多朋友一同聽課、進行社團活動、玩耍的平穩生活。不管怎麼看這都是非常普通的女孩的生活日程，但是隻有一點與其他孩子決定性不同的地方，那就是她所屬的名爲“勇者部”的社團活動。以部長犬吠埼風爲中心的該社團的活動內容與被謎團包圍的叫做Vertex的不可思議的存在有關係，本作正是以描寫友奈等人的“勇者部”的活動爲主。