平凡小鎮，生活在五口之家的普通小學生高町奈葉（田村由香裏 配音）與好友月村鈴鹿（清水愛 配音）和愛麗莎·巴尼斯（釘宮理惠 配音）過着無憂無慮的生活。這一日，她們偶然發現一隻類似水貂的動物尤諾·斯克萊亞（水橋香織 飾）。受傷的尤諾得到奈葉等人的救助，誰知接下來小鎮便連續出現各種怪物。在尤諾的幫助下，奈葉利用Rising Heart變身成爲魔法少女，擊敗了入侵的怪獸，並且得知關於能量結晶快Jewel Seed的祕密以及自己的使命。此後的日子裏，她爲了成爲合格的魔法少女揹着好友們展開修行。這一晚，神祕魔法少女菲特·泰斯特羅莎（水樹奈奈 配音）突然出現，與奈葉展開激戰。　　她們之間的夙緣由此展開……