近未來的東京，有着一個爲了奪取“最強武器”而建立的兩大組織，以開發最強兵器爲目的的導示重工，和通過操控遺傳因子來製造優秀人類的NSWF。他們的共同目的只有一個，就是得到那個擁有着最強威力、並且只有通過被選中的女人才能操縱的終極武器“WITCHBLADE”。地震災害的6年之後……天羽雅音、梨穂子 ，兩人幸福的生活着，但是，等待着她們的卻是，WITCHBLADE那暗之力的召喚，以及異常殘酷的命運……