世界受“魔甲蟲”威脅，大地遭其佔據，人類如今只能住在天空中的浮游都市裏。人類當中誕生出以魔力對抗“魔甲蟲”的魔法師——空戰魔導士。就讀空戰魔導士培育機構——學園浮游都市“密斯特崗”的彼方·英司，是被冠上“黑之劍聖”稱號的S128特務小隊菁英王牌。然而，如今他卻被視爲“特務小隊的叛徒”而受到衆人輕蔑、厭惡……某天，彼方被任命爲連戰皆敗的E601小隊教官。這支小隊收容了三名個性特異的少女——？由叛徒與問題學生少女們展開的雄豪進擊，現在啓動