「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫畫を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進國の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた時代。幼い頃の事故が原因で脳以外の全身を義體化した少女・七転福音（ななころびねね）は、親類を頼って人造のリゾートアイランド「セナンクル島」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重武裝のテロリストや大量破壊兵器がのさばる途方もない新生活だった。