明朝崇禎15年，全國內憂外患，大將孫傳庭臨危受命帶着妻子馮氏來到潼關抵抗李自成的軍隊。與此同時遊醫吳又可懷着濟世救人之心來到潼關拜訪師傅——藥局提領趙川。大敵當前，孫傳庭軍中士兵染上怪病，同時還要面對崇禎皇帝的催促出兵和潼關豪紳顧清遠等人的自私斂財。趙川因施救不力以身殉職，吳又可在危難之時挺身而出，靠着不同尋常的治療方法與孫傳庭惺惺相惜。最後瘟疫終於被控制住，但是國家的病症能否被戰爭治好吳又可和孫傳庭都無法預料。