新幹線超進化研究所爲了從誕生於“漆黑新幹線”的巨大怪物體手中守護日本的未來，　　人們開發了“新幹線變形機器人SHINKALION”。　　具備與SHINKALION較高適合率的孩子們成爲駕駛員，　　與研究所員齊心協力，面對強大的敵人！　　究竟“漆黑新幹線”的目的是……。孩子們能否守護日本的未來……。　　變身！SHINKALION！