《星學院Ⅲ之潘朵拉祕境》是“星學院”系列的第三部，主要講述了菲洛、小月、美星三位魔法少女進入潘朵拉奇幻社就職的故事：菲洛和夥伴們通過在星學院的學習，成長爲優秀的魔法師，並且即將面臨畢業考覈。然而這時，她們意外被捲入一場魔卡精靈的失蹤事件。與此同時，瑞拉國王突然病重、潘朵拉魔卡風靡一時、王國大臣神祕消失，一切事件的背後似乎埋藏着十年前的一個驚天祕密。爲了查明真相，菲洛和夥伴們加入潘朵拉奇幻社，成爲極光組的一員。