在「破曉起義」後前往地球的夏亞，在那與擁有不可思議力量的少女──拉拉．遜相遇。另一方面，致力推動RX-78開發計劃的阿姆羅父親──提姆･雷，得到吉翁方面MS開發計劃的核心人物──米諾夫斯基博士逃亡的消息，因而動身前往月球。在月球表面上的微光區域，展開人類史上首次的MS死鬥戰。時間來到宇宙世紀0079年——。距離地球最遠的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公國之名向地球聯邦政府挑起獨立戰爭。這場戰爭導致人類的總人口數一半死去，動亂的時代正要開始——。