據IGN報道，《尼爾：自動人形 Ver1.1a》已決定製作第二季，並公佈了第二季預告。西曆5012年。突然入侵地球的外星人與其製造的機械生物導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，爲了奪回地球，利用人造人士兵展開反攻作戰。 然而無限增加的機械生物阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。 作爲最終兵器，人類派遣新型人造人「寄葉」部隊至地球。剛被派往地球的「2B」與先行調查員「9S」會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神祕難解的現象……