在《Fate/Zero》中，與征服王伊斯坎達爾一同跨越了第四次聖盃戰爭的少年，韋伯·維爾維特。時光流轉，少年繼承了君主·埃爾梅羅的稱號，以君主·埃爾梅羅Ⅱ世的身份，在魔術師們的總部·時鐘塔面臨了各種充滿神祕的事件——