在火星發現的神祕箱子――“潘多拉魔盒”打開的瞬間，巨大的牆壁突然出現！故事由此開始。被稱爲“天空之牆”的牆壁把日本列島分割爲三部分，並由此誕生了各自的首都「東都」「西都」「北都」。 其中在“東都”有被稱爲Smash的未確認生命體出現並暗中把人類逼入絕境。擋在Smash面前而出現的，是一位青年，其腰上戴着腰帶、 手上握着不可思議的瓶子 。「變身！」―― 青年天才物理學者變身爲假面騎士Build，阻擋在Smash的面前！