進入21世紀已有近20年，在人們已忘記了妖怪存在的現代。 

　　科學無法解明的現象頻發，流言飛語散佈各處，大人們只能疲於奔命。 

　　希望想辦法解決這一情況而寫信給妖怪信箱的13歲少女·真奈的面前， 

　　隨着咔噠咔噠的木屐響聲，鬼太郎來到了…。