宿命的相逢之後，佐佐木小次郎（鶴田浩二 飾）苦練技藝，一心打敗宮本武藏（三船敏郎 飾）。這之後，小次郎來至江戶謀求官職，期間與同在江戶的武藏邂逅，兩人約定東門決鬥。然決鬥前夜，武藏致信請求將決鬥延期一年。次日武藏和城太郎（櫻井將紀 飾）、熊五郎（田中春男 飾）旅行來至鄉下，師徒三人一面鋤地耕作，一面教習農民武藝，抵抗土匪。
　　這期間阿通（八千草薰 飾）和朱實（岡田茉莉子 飾）先後來此尋找武藏，朱實更在匪亂中不幸喪命。一年後，小次郎成爲細川家臣，巖流島將成爲他和武藏的命運轉折點……