舞臺是近未來的日本，過着普通高中生生活的才賀淳貴聽聞10年前便下落不明的父親的遺體在巖手縣黑神山的遺蹟中被發現，便急忙趕赴那裏。然而才賀在遺蹟中卻看到了不可思議的幻覺。他的手腕上出現了一個金色的腕輪，上面刻着神代文字“使用者REIDEEN”。與此同時，巨大的隕石從空中落下、湖中出現了巨大的機器人……